重建後的新皇崗口岸於10月12日早上6時30分正式啟用。不過有小紅書網民指，皇崗口岸聯檢大樓深圳方建築外牆門牌大字突然遭撤換，由原本跟舊皇崗口岸相似的字體改成隸書。有網民覺得，過去的字體更有設計感和辨識度，換成隸書失去了獨特性，「懷念過去獨特的書法體」但亦有網民認為隸書更容易看懂。《香港01》正就此事向皇崗口岸查詢中，暫未得到官方回覆。

有消息人士《香港01》透露，字體更換主因是考慮到皇崗口岸作為國際性口岸的定位，官方要求重新規劃兼顧「中英文結合」的大字呈現形式。

消息人士稱，官方要求重新規劃兼顧「中英文結合」但由於通關時程緊迫，為了「應付通關」並確保現場「有字可用」，目前臨時採用了極為通用的隸書字體作為過渡

通關前新皇崗口岸沿用舊口岸的字體，只是將顏色改成白色：

通關後皇崗口岸的字體突然變成隸書：

新皇崗口岸臨開通前更換招牌字體一事，在社交平台引發熱議。許多網民對更換字體表示可惜，認為舊版字體有一種「歷史延續的美感」，批評改動是多此一舉。有網民反駁「舊字體像商場購物中心」的說法，直言「哪個商場能寫出舊版那種水平？老口岸用了那麼久都沒問題」。

針對有人認為舊字體難認，網民質疑根本是「照顧沒文化的人」，並調侃「就四個字而已還說不認識」、「這麼大個建築擺在眼前，都來到現場了難道還需要看字才知是口岸嗎？」此外，也有人糾正香港屬於「境外」而非「國外」，不應盲目套用「國門」的概念來否定傳統字體。

另一方面，有網民則支持新版字體，認為舊版字體放在當代建築上極為不協調。有人指出，新口岸建築主體的線條層層疊疊，原本配上的舊字體顯得過於逼仄與格格不入，而新版字體則更加簡潔和諧，看起來更符合現代公共建築的氣派。