馬英九基金會邀請大陸7所高校學生組成陸生團訪台，一行人周三（4日）繼續在台灣的行程，來到位於新竹的清華大學與師生交流。然而繼日前台灣大學後，團員再度遇上學生抗議，學生們並舉起青天白日滿地紅旗，表達「交流要平等」等訴求。而現場亦現身一群手拿五星紅旗的民眾，當場與學生爆發衝突，雙方分別互嗆「台灣獨立」以及「中國統一」，場面一度混亂。

陸生團上午10時抵達清大名人堂，現場有不少高舉青天白日滿地紅旗的學生聚集，他們也舉起布條，表達「梅（沒）有自由、梅（沒）有交流」、「交流要平等，民主是前提」等訴求，有學生更表示要贈送青天白日滿地紅旗給陸生，而陸生團成員則步往前走，未有多加理會。

不過就在陸生團抵達同時，現場出現一群高舉五星紅旗、臉貼五星紅旗貼紙的民眾及非台籍學生，另有民眾直接亮出「台灣獨立鯨魚旗」，現場開始場面火爆起來，有校外人士對學生大罵「好丟臉喔你們」、「民進黨給你們多少錢啊」，並與學生爆發口角衝突；學生當場回嗆「台灣獨立」、「游回中國」、「丟台灣人的臉」。

此外，有學生亦不滿馬英九基金會執行長蕭旭岑不願拿青天白日滿地紅旗，青天白日滿地紅旗，嗆他「是不是大陸學生在就不敢拿」、「拿國旗有什麼難的」等，蕭旭岑則說，「這是一種專制嘛，你不能要求我做什麼」。

交流活動結束後，親自出席活動的前總統馬英九，以及國民黨立委、清大教授翁曉玲及北京清華大學學生等一行人，到清大故校長梅貽琦的梅園衣冠塚前獻花致意。不過馬英九所到之處都遇上學生抗議，有的學生更高喊馬英九「滾回中國」等。