新皇崗口岸啟用後首個周日，適逢重陽節三日假期，今日（18日）大批旅客離境，中午時分，過關閘口大排長龍，有人報稱等候兩小時仍未成功過關。保安局表示，自上午11時起，北上旅客人流顯著增加，並指中午12時至下午2時期間，有約19,000名旅客經皇崗口岸離境前往內地，較皇崗口岸／落馬洲管制站過往同期上升835%；最高峰一小時，更有9,728人次離境。
保安局指，入境處已即時開放L5層離境大堂所有過關通道及櫃位，並聯同警務處於L2及L5層實施人流分流及管制措施，旅客最高輪候時間需75分鐘。局方稱，是次面對突增人流，各項預案得以及時啓動，整體運作大致暢順。

新皇崗口岸開通後首個周日人頭湧湧，下午時分，過關閘口大排長龍，有人報稱等候兩小時仍未成功過關。不少市民在社交媒體發帖指現場管理混亂，不僅現場工作人員「一問三不知」，甚至出現旅客「找不到隊尾」及被迫折返重新排隊等亂象。

保安局表示，皇崗口岸上午約11時起，北上旅客人流顯著增加。在中午12時至下午2時期間，約有19,000名旅客經皇崗口岸離境前往內地，較皇崗口岸／落馬洲管制站過往同期上升835%。在下午1時至2時的最高峰時段，更有9,728人次於一小時內離境，較皇崗口岸／落馬洲管制站過往同期上升899%。

保安局指，入境事務處已即時開放L5層離境大堂所有過關通道及櫃位，以加快疏導人流，並聯同警務處於L2及L5層實施人流分流及管制措施。旅客於上述高峰時段進入皇崗口岸，在L2層輪候人流分流安排的時間約為30至45分鐘，而在L5層離境大堂的輪候時間則維持在30分鐘以內，即最高輪候時間合共達75分鐘。

L2層人流分流管制措施已於下午2時10分取消　L5層輪候時間下午2時40分縮短至15分鐘內

局方續指，至今日下午約2時起，離境高峰期逐漸過去。L2層的人流分流管制措施已於下午2時10分取消，而L5層離境大堂的輪候時間亦於下午2時40分縮短至15分鐘以內。

局方說，相關部門早前在皇崗口岸進行約二萬人參與的大型演練時，已就高峰時段可能出現的大量旅客人流進行評估，並制定分流、排隊管理及跨部門協調安排，「是次面對突增人流，各項預案得以及時啓動，整體運作大致暢順」。