「部門首長責任制」不涵蓋全部常秘，只包括教育局及房屋局常秘，有政界中人質疑是否漏洞。立法會前主席曾鈺成認為教育署是政府內部仍存在的部門，由教育局常秘出任，故常秘是教育署主管，理解教育局常秘會跌入「部門首長責任制」範圍，惟他不清楚其他局常秘的分工是否主管部門的具體工作，難以評論。

不過，他認為原則是部門主管是署長，而不是常秘，「假如屋宇署行政出問題，首先署長問責，但常秘由署長睇，常秘要負幾多責任呢？係另一個問題」，建議政府明確列出甚麼是責任制下涵蓋的部門首長。

部門首長責任制不包全部常秘　曾鈺成望清楚交代首長定義

「部門首長責任制」之中第二級調查提到如部門出現嚴重問題，或涉及廣泛或重複性的系統問題，或有跡象顯示問題可能涉及部門首長的角色時，調查由專為責任制設立的調查小組負責，查找不足與釐清責任。公務員事務局指，將有超過60名高級公務員受規管，包括兩名兼任部門行政主管的決策局常任秘書長，即教育局及房屋局，其餘常秘則不受影響，惟倘常秘牽涉問題，一樣會調查常秘。

曾鈺成在個人網台節目表示，部門首長責任制目的是提升部門效能，重點在於執行力，如果政策本身有問題，就不是負責執行政策的部門首長有問題。他認為原則是部門主管是署長，而不是常秘，「假如屋宇署行政出問題，首先署長問責，但常秘由署長睇，常秘要負幾多責任呢？係另一個問題」。他說公眾期望責任制有更多具體細節交代，包括若套用現有的宏福苑火災等事件上，會如何處理問責。

被問到文件是否有需要清楚交代不包括全部常秘的原因，曾鈺成指政府應該有一份文件解釋何謂部門首長責任制，以及部門首長的定義，不限於現在給予立法會的文件內容，「既然係新嘅嘢，行政長官經過反覆思考嘅新制度，係咪應該有一份完整說明呢」，一定要列出部門首長釋義，其他各級官員都受規管，「如果零零零舍舍有常秘根本唔符合部門首長定義，亦唔係輔助部門首長的行政工作」，便自然不受責任制規管。

若應調查的事件無查　曾鈺成：立法會可施加政治壓力

署長的直屬上司是常秘，被問到為何不是由常秘啟動調查，而是由特首或司局長啟動賦權公務員敍用委員會調查，曾鈺成認同應該先由內部調查，如果不可行，才由政治問責官員啟動調查。不過，如果出現立法會議員認為應調查的事件，而政府沒有調查，他認為議員可以在立法會對政府施加政治壓力，包括沒約束力動議、質詢，「政府要答㗎喎，議員會問你點解」，認為問責性可體現在立法會。