4月1日晚，長沙醫學院官網和微信公眾號發文稱，作為非營利性民辦高等學校，突被長沙市稅務局第三稽查局依學生學費住宿費徵繳25%企業所得稅和該校毫不知情的日萬分之五滯納金。
其中政府下撥給貧困學生的獎助學金、貧困助學金5%都計徵稅，還有該校購買的儀器、設備、設施、土地、房屋不作為學校支岀還要按年分攤交納企業所得稅。
文章痛批市政府「不能依法徵稅，違背了黨和政府的治國理念」，翌日下午文章在上述平台下架。

上述文章稱，有關徵稅是沒有法律依據的，長沙醫學院全體師生強烈申請稅務局依法履職，依法徵稅，法無授權不可為。

「長沙市稅務局自去年起給了我們一個清單，要求補繳包括學費、住宿費在內累計約3億元稅款，還包括1.9億多元滯納金。」4月2日晚間，長沙醫學院劉女士向內媒《上游新聞》表示，針對此類徵稅，他們以前都沒有繳納過，也就不存在產生滯納金。

劉女士稱，倘若稅務局強徵稅款，肯定會影響全校師生利益，「羊毛出在羊身上」。長沙醫學院院長何彬生則表示，「昨天稅務局第二次下達強制執行通知書，給了我們10天時間」，校方將通過多種渠道維護自身權益。

2022年1月13日，長沙市稅務局第三稽查局向長沙醫學院下達《稅務處理決定書》載明，要求該校補繳2016年1月1日至2020年9月30日期間包括增值稅、房產稅、印花稅等在內稅款3億5331萬2522.98元及相應滯納金。

3月24日，長沙醫學院對上述《稅務處理決定書》不服，向國家稅務局長沙市稅務局提出行政復議，長沙市稅務局隨後作出不予受理決定。理由是：經審查，長沙市稅務局認為長沙醫學院未按照稅務機關的納稅決定繳納或者解徼稅款及滯納金，也未按照《稅收徵收管理法實施細則》第六十一條、第六十二條之規定，提供有效的納稅擔保。

長沙醫學院代理律師介紹，針對上述事由，今年3月，長沙醫學院已向長沙鐵路運輸法院起訴國家稅務總局長沙市稅務局第三稽查局並立案。該案將在4月11日開庭。

此前，長沙醫學院曾向國家稅務總局湖南省稅務局發出《關於免交滯納金核減多計不該計稅項的請示》。2022年2月18日，國家稅務總局湖南省稅務局回復長沙醫學院稱，長沙醫學院的學費、住宿費收入等不在政策規定的免稅收入范圍，即使申請取得非贏利組織免稅資格，收取的學費、住宿等也不能享受免稅政策，且免稅收入和應稅收入需要分別核算，應稅收入要申報繳納企業所得稅。

2021年5月19日，湖南省教育廳曾向湖南省稅務局、湖南省委督查室等單位發送的《關於請求協調對長沙醫學院學費收入免徵企業所得稅的函》提到，「目前公辦學校的學費收入是免徵企業所得稅的，根據法律規定，結合長沙醫學院的法人屬性、辦學章程及辦學實際，我們認為長沙醫學院應當與公辦學校一樣，享受免徵學費收入企業所得稅的優惠政策。」

「這個情況是長沙醫學院公開的，目前官方還沒有一個明確的說法，如果有回覆的話會在稅務局的公開平台發布。」4月2日下午，長沙市納稅服務熱線接線員表示，「此事具體真相是怎樣的，看最終官方的說法吧。」

長沙醫學院官網介紹，該校是2005年3月經國家教育部批准的普通高等學校（教發函〔2005〕39號），全國第一間民辦醫學本科院校。前身是湘南中等衛生職業技術學校，1996年更名為湘南衛生中等專業學校，1999年升格為湘南醫學高等專科學校，2001年校本部遷至長沙市。