前港督彭定康早前在在Project Syndicate網站發表《學術精神的落幕》文章，提及香港政府在2014年佔領行動後，受中國政府的命令，在大學挑起事端。教育局回應指有關說法毫無事實根據，純屬無中生有，特區政府深表遺憾。

教育局在回應中提到，彭定康在位期間，確立了由港督出任本港所有政府資助大學校監的制度，在其任期，亦未有修改相關制度及法例，又指目前由特首出任資助院校校監的做法，乃源自彭定康的決定。

以馬斐森言論反擊彭定康

教育局在回應中又原文節錄香港大學校長馬斐森在2015年12月發表的講辭，當中馬斐森認為港大有良好的學術自由，但就因為港大受資助的背景，不會有完全的院校自由，他認為世上其他國家受資助的院校都有類似情況。

In my opinion, academic freedom is alive and well at (the University of Hong Kong). We do not however have complete institutional autonomy and nor can we expect it.

特區政府就重申學術自由是香港一直推崇的重要社會價值，受《基本法》保障，更是香港高等教育界賴以成功的基石，以及政府一直致力維護學術自由及院校自主。