港府擬建機場第三條跑道，引起外界關注空域及空管問題，憂慮會令三跑未能大幅提高升降量，不符合成本效益。而香港民航處與內地及澳門空管部門簽署協議，協定每年兩次就空中交通管理的規劃溝通，促進協作。

內地民用航空局空中交通管理局、香港民航處和澳門民航局簽訂《強化內地與港澳民航空管珠江三角洲地區空中交通管理規劃與實施三方合作交流機制協議》，訂明三方領導層每年安排兩次高層次會面或電話會議，鞏固三方就珠三角地區，空中交通管理規劃與實施方面的合作，加強整體協同規劃和溝通，協議亦訂明三方技術人員多交流會面。

國家民航局副局長王志清表示，內地支持三跑建設，當局會全面配合，務求發揮最大效用，以期長遠達至每小時處理102班航班的目標。運輸及房屋局局長張炳良亦稱，簽署協議有助加強協同效應，善用空域。三方民航機構於2007年已成立工作小組，至今有多次會議，商討珠三角空管及三跑道的空域安排。