拉鋸多時，高鐵一地兩檢方案終於出台。追溯記錄，有關爭議在2009年立法會審批高鐵撥款時已經存在，當時經泛民議員多次追問，時任運輸及房屋局局長鄭汝樺仍無法交代如何落實一地兩檢，僅稱需進行研究，但認為無損高鐵效益，甚至不排除沿用傳統的兩地兩檢。然而，上屆政府話鋒一轉，強硬表示兩地兩檢及車上檢不可行，實施一地兩檢才可發揮高鐵最大效益，更無視議員對方案衝擊一國兩制的擔憂。到今屆政府上任不久，匆匆拋出方案，勢必再掀起一場政治風暴。

翻查文件，早在2009年至2010年立法會財務委員會審批興建高鐵的撥款申請時，多名泛民議員已關注到一地兩檢的落實問題，對鄭汝樺多番追問。惟鄭汝樺僅指有關法律問題複雜，政府已成立跨部門小組研究，包括參考外國的一地兩檢，例如美加間的預檢安排、歐洲的車上檢等，故未有實質方案。

即使議員一再質疑無一地兩檢將致高鐵效益大減，鄭汝樺仍然堅持在解決相關問題前亦應撥款興建高鐵，「爭取在高鐵發展這項新經濟動力分一杯羹。」又明言政府不排除在高鐵落成時無法實行一地兩檢，可研究折衷方案，舉例指內地部分高鐵車站均設有口岸，意味可實施兩地兩檢。

我們當然理解這是一個極之複雜的法律問題，所以我們沒有說過在興建好高鐵的第一天便已經有"一地兩檢"，這不是我們現在的期望，但同時間，我們亦不覺得我們應該停止所有工作，研究也不做。

沒有 "一地兩檢 "不等於沒有高速，因為我們希望找一些中途或中期的方案‥‥‥廣東省方面，每個車站都設有口岸可以處理得到，而直通車如何處理呢？這是我們在下一個階段要研究的‥‥‥現在北京、上海，當然它們是大城市，有自己的口岸，其他城市可以用其他的方法，會不會有一個比較折衷的方法呢？

來源：立法會財務委員會會議記錄

不過鄭汝樺的這番「見解」卻被上屆政府無視，不時提出「通車時落實一地兩檢才可發揮高鐵最高效益」的論調，更在2015年底接連出招，相繼將鄭汝樺曾提及的車上檢及兩地兩檢「判出局」。先是律政司司長袁國強於當年12月9日的立法會回應質詢時指出，每列高鐵載客579人，惟由西九至福田僅需14分鐘，如實行車上檢，需在極短時間內完成清關及檢疫手續，認為是否可行值得商榷。

時任特首梁振英亦在隨後數天，突然強硬表示兩地兩檢「完全不可行」，因為內地大多數有高鐵站的城市都沒有入境海關口岸設施，變相不承認鄭汝樺當年在立法會表示可以研究折衷方法的說法。

到新一屆政府在未解決外界對實行一地兩檢違反《基本法》及衝擊一國兩制的憂慮下，提出方案。方案沿用深圳灣口岸模式，即西九龍總站將以「租賃」方式劃出四分一面積作內地口岸區，並行使內地法律，由內地人員執法。

事實上，高鐵自立項以來已爭議不斷，包括因走線導致石崗菜園村遭強拆；又爆出延誤超支，需向立法會追加196億元撥款，最後納稅人共付844億元為高鐵埋單。加上今次的一地兩檢爭議，高鐵的政治風暴勢必繼續發酵。