新型冠狀病毒肺炎疫情下，全港中小學於9月下旬復課後，一直以半日制形式上課，避免學生在校午膳增加傳播風險。教育局日前向全港官立及資助小學校監、校長發通告，考慮到受惠於「在校免費午膳」計劃低收入家庭學生的用膳需要，當局呼籲請參與計劃的學校與午膳供應商商討，為該批學生提供低風險並能夠保存較長時間的午膳餐盒，以便學生攜帶回家進食。
有小學校長認為，認同教育局呼籲的理念，部分地區的基層學生的確需要免費午膳計劃支援，但在實行上需顧及課時、衛生、成本及派發方式等問題，另要考慮如何避免標籤參與學生。

教育局的通告內容指，半天上課安排下，由於仍需恪守各項防疫規定和指引， 學生因此仍未能在校午膳，包括合資格受惠於「在校免費午膳」計劃的學生。考慮到該批低收入家庭學生的用膳需要，教育局呼籲請參與計劃的學校與午膳供應商商討，為該批學生提供富營養、低風險並能夠保存較長時間的午膳餐盒，以便學生攜帶回家進食。

教育局表示，考慮到部份學生家長亦可能希望學校提供午餐給子女回家進食，學校也可將有關安排同時適用予其他非合資格學生，讓學生及其家長選擇是否自費參與訂購午膳餐盒。

佛教林金殿紀念小學校長吳永雄認同教育局呼籲的理念，直言部分地區的基層學生的確需要免費午膳計劃支援，但在半天上課、小一至小三停課的情況下，實行上相對複雜，現時並非合適時間處理相關事宜，應待小一至小六均恢復回校面授課堂，以及與午膳供應商溝通後，才正式實行上述措施。

吳永雄解釋，校方需研究在派發午膳時，如何避免標籤參與計劃的基層學生；在半日制上課安排下，課時相對緊張，因此需研究如何避免佔用教學時間，同時又要遷就校車服務時間，不能太遲放學。他直言，曾向當局查詢可否臨時以發放食物券或直接津貼形式取代，惟上述建議被駁回，當局解釋指，計劃條文列明只能資助由學校安排訂購的餐盒。

「在校免費午膳」由2014/15學年起納入政府恆常資助計劃，目的是為低收入家庭的小學生提供在校免費午膳，合資格學生需符合三項條件：領取學生資助計劃「全額津貼」；就讀官立、資助、特殊學校或直資全日制小學；由其就讀的學校安排午膳。