特區政府和深圳市政府於2024年達成共識，以「跨河建」的安排重建沙頭角口岸，雙方同步建設橫跨沙頭角河的旅檢大樓。重建後的沙頭角口岸將成為純旅檢口岸，取消貨檢功能，提升旅客過關效率，並研究「人車直達」運作模式，即口岸將設有公共運輸交匯處及停車場，預計屆時旅客處理能力將會提升至單日4萬人次。

根據北區區議會文件，香港方面的重建項目，涉及約5.5公頃土地，範圍涵蓋沙頭角管制站原址及部份周邊土地，其中約1.1公頃為私人土地。有關當局將於2025年第四季分別按條例就上述收地建議及擬議道路工程同步刊登憲報。

為提升通關效率及促進沙頭角地區發展，特區政府與深圳市政府於2024年達成共識，計劃重建沙頭角口岸。此項重建計劃預計於2025年完成工程可行性研究，並將於同年第四季就收地建議及相關道路工程刊憲。

重建後的沙頭角口岸將採用「跨河建」模式，即兩地政府同步在沙頭角河上興建旅檢大樓，以河中心為界，各自設置出入境檢查通道。新口岸將專注於旅客通關，取消貨檢功能，配合跨境貨運「東進東出、西進西出」的策略，並實施「合作查驗、一次放行」的通關模式。

初步估算涉約5.5公頃土地　工程鄰近法定古蹟協天宮

現時沙頭角管制站每日平均處理旅客量約7,300人次，重建後的新口岸設計容量將提升至每日4萬人次。目前，特區政府已委託顧問公司進行沙頭角口岸重建的工程可行性研究，預計2025年內完成。

文件提及研究「人車直達」運作模式，即口岸將設有公共運輸交匯處及停車場。顧問公司的初步交通影響評估顯示，在考慮「人車直達」及設計旅客處理能力為單日4萬人次的情況下，周邊的主要連接道路及道路交界處仍然會有足夠的剩餘容車量。

重建計劃初步估算涉及約5.5公頃土地，其中約1.1公頃為私人土地。文件指，政府將根據《收回土地條例》收回所需土地，並依法向受影響的業權人及人士作出合理補償。另外，初步環境審查顯示，重建工程預計不會對環境造成長遠的不良影響；由於工程鄰近法定古蹟協天宮，政府將委託顧問公司進行文物影響評估，確保工程不會對古蹟造成損害。