正在重建的沙頭角口岸重開後將實施「合作查驗、一次放行」通關模式，根據當局向古物諮詢委員會提交的沙頭角口岸重建與相關工程文物影響評估，工地對開50米範圍有一處法定古蹟，即沙頭角山咀協天宮，評估指於施工階段，在靠近協天宮的範圍內進行任何主要工地工作，包括鐵絲網圍欄及其擋土結構，均有可能導致地面水平變化、水位變化、沉降、傾斜或振動等影響。影響評估建議在現有鐵絲網圍欄及其擋土結構與法定古蹟邊界之間設置10米的緩衝區，以盡可能減低工程活動對法定古蹟的影響。

沙頭角口岸重建與相關工程的主要範圍包括拆卸現有的沙頭角管制站，以及興建新的管制站設施，項目中兩座主要建築物將以一條行人天橋連接。新沙頭角口岸將會實施「合作查驗、一次放行」的通關模式。文件以項目工地對開50米範圍作為研究範圍。該範圍內有一處法定古蹟（沙頭角山咀協天宮），另有三處具潛在文物價值項目。

施工期間任何主要工地工作或致地面水平變化

文件指出，項目工地現有的周邊保安圍欄由鐵絲網組成。鐵絲網圍欄及周邊斜坡最近處距離協天宮僅約1.5米，預計會產生潛在影響。於施工階段，在靠近協天宮的範圍內進行任何主要的工地工作，包括鐵絲網圍欄及其擋土結構，均有可能導致地面水平變化、水位變化、沉降、傾斜或振動等影響。

另外，由於項目包括兩座主要建築物，並由一座行人天橋連接，其最近點距離協天宮邊界僅約15米，因此預計會產生潛在影響。在施工階段，行人天橋及建築物，包括其地基的工程可能會導致地面水平變化、水位變化、沉降、傾斜或振動，影響協天宮。

由於項目於最近點將非常接近協天宮，預計會對它產生顯著的視覺影響，但強調可重新配置及改善通往山咀村、沙頭角邊境禁區及協天宮的行人通道。

建議兩座主要建築物於距離協天宮邊界約50米以外興建

報告建議，在現有鐵絲網圍欄及其擋土結構與協天宮邊界之間設置10米的緩衝區，以盡可能減低工程活動對協天宮的影響；兩座主要建築物將於距離協天宮邊界約50米以外興建，以減低對協天宮造成的不良影響。另將豎立美觀的臨時圍板以分間施工範圍，並於營運階段改善現有鐵絲網圍欄的外觀，包括重新油漆其擋土結構及增設適當綠化，以減低對協天宮的視覺影響。

古蹟辦：任何偏離文物影響評估報告的工程範圍及設計須徵該辦同意

古物古蹟辦事處建議，如有任何偏離文物影響評估報告的工程範圍及設計，建築署須在該工程動工前盡早諮詢古蹟辦，並徵得古蹟辦同意；在承建商的設計階段早期向古蹟辦提供更新的設計方案及其相關評估、勘測及施工方案，並於施工前徵得古蹟辦同意。

至於影響評估報告提及在現有鐵絲網圍欄及其擋土結構與法定古蹟邊界之間設置10米的緩衝區，古物古蹟辦事處指有關影響的進一步評估及監測建議，將提交古蹟辦審批同意；在法定古蹟附近範圍內，需全程採取嚴格的工地管理，例如車輛控制措施，以確保避免對法定古蹟造成任何損壞或滋擾。