2月1日，正當台灣政界正在吵嚷從武漢肺炎疫區回台、甚至未來來台人士的隔離區問題，而高雄市長韓國瑜還在1月31日高談「蓋一個大型收容所」而受到政界與媒體圍剿的當下，台灣國防部突然發布新聞，表示「本部配合中央流行疫情指揮中心防疫需求，已檢討適合的空置營區，完成營區自我隔離健康管理收容的相關整備，另確診患者則由衛褔部指定的專責醫院實施收療，國軍醫院亦配合納入規劃。」

台灣國防部強調，「本部為政府防疫配合執行單位，相關防疫工作，遵中央流行疫情指揮中心的統一指揮，做最周延的規劃與準備，籲請國人放心。」這段短短的新聞稿中，所謂「檢討適合的空置營區」一詞，引起台灣政壇的關注，甚至有人謂台灣國防部，正好幫韓國瑜的說法背書。事實上，在2003年SARS爆發疫情當時，時任高雄市長的謝長廷，也有類似的發言，並獲得軍方支持，因為高雄市的空置營房頗多。

而也剛好在1月31日晚間，台灣中央流行疫情管制中心指揮、衛福部長陳時中也宣佈，台灣「已成功分離出新型冠狀病毒的病毒株，將是未來自行研發藥物、疫苗的重要基礎。」且陳時中適時補一句話，說成功分離病毒株的單位「不能說是哪個單位，只能說並非疾管署。」而有能力在如此短時間，就解構出新型冠狀病毒的單位，台灣僅有軍方的預防科學研究中心（俗稱：預醫所）才有能力辦到。

2003年SARS疫情肆虐當下，預醫所擔任的工作相當繁重，也在很短時間內解構SARS病毒，並且適時提供政府進一步遏制疫情爆發的重大情資，期間的所有作業，包括介入台北市和平醫院封院等機密作業，至今都還是高度敏感的政治機密。

由於在病毒解析上獲得重要成果，且已經開始準備武漢肺炎在未來疫情爆發時的隔離疫區，台灣軍方在此次武漢肺炎的角色，已經越來越清晰。只是目前台灣社會還無法承受軍方塗着迷彩的化學防護車在街道上四處噴灑消毒劑、化學兵身穿防護服清洗疫區小區的畫面，恐怕會讓台灣經濟受到傷害，也可能會讓民心逐漸崩解，目前因為口罩問題而焦頭爛額的蔡英文政府，目前還是讓軍方隱藏在幕後，不到萬一時刻不輕易亮劍。

已經有包括香港、澳門人士對此充滿恐懼，尤其與台灣有密切商務往來的港澳人士，深怕會被歸類為「有中國大陸旅行經驗者」，而在未來疫情爆發時，因為入台而被強制隔離14天觀察，二周的時間會使許多商務活動停擺，造成鉅額損失。

目前疫情是否會在台灣失控，外界依舊霧裏看花。僅有醫學背景的台北市長柯文哲認為，是否會進展到此，要看在2月10日以前的發展，目前都還屬於潛伏期，柯文哲認為現在就開始評論隔離檢疫措施，甚至預估未來悲觀或樂觀，時間還太早。不過，對照美國與澳洲對從武漢徹僑的該國公民、一下飛機即進行14天隔離的狀況，恐怕後續並不會太樂觀。尤其，美國的徹僑班機，原本預定停泊民用機場，臨時在飛行途中決定改降落軍用機場，直接將徹僑僑民送入軍營隔離，這也讓外界產生恐懼。

台灣在2月2日宣佈，禁止武漢以及廣東人士入境，所謂的「二級感染區」一律列入禁入名單。而一旦牽涉到廣東省，則鄰接的香港與澳門、尤其是關閘口慢了好幾拍的香港，是否會隨着廣東省成為台灣政府所謂的「二級感染區」，是下一步蔡英文政府衡量兩岸關係、疫情狀態和商業往來的重要抉擇考驗。