位於深圳市福田區的皇崗口岸正在重建，運輸署指重建工程完成後，新皇崗口岸聯檢大樓在「一地兩檢」的安排下，本地公共運輸服務車輛可以直達，免卻現時乘搭皇巴接駁港深兩地口岸。

除了七條巴士線有望直達新皇崗口岸外，運輸署建議，現有六條以新田公共運輸交匯處及落馬洲管制站為終點的專線小巴線，延伸至新皇崗口岸，包括全日及通宵路線。另外，新皇崗口岸的公共運輸交匯處內將分別設有的士上客和落客區。

「港方口岸區」設有公共運輸交匯處

運輸署向沙田區議會提交文件表示，新皇崗口岸聯檢大樓內的「港方口岸區」設有公共運輸交匯處，本地公共運輸服務車輛可直達交匯處。出境旅客可直接透過公交前往出境大堂；而入境旅客甫完成清關手續，即可乘搭公交進入香港。署方指，新安排免卻現時需乘搭皇巴往返港深兩地口岸的需要，更為便利省時。

運輸署建議將三條現時於新田公共運輸交匯處設站的專營巴士路線伸延至新皇崗口岸或在原有路線上提供特別班次服務，另建議開辦四條新路線。（見另稿）

6條以新田及落馬洲管制站為終點專線小巴路線伸至新皇崗口岸

至於小巴，署方指，現時在日間及通宵時段各有三條分別以新田公共運輸交匯處及落馬洲管制站為終點的專線小巴路線，接載乘客到達終點站後再轉乘皇巴前往皇崗口岸。署方計劃將全部六條路線延伸至新皇崗口岸，包括全日服務的44B（元朗(新田) – 屯門站公共運輸交匯處）、44B1（元朗(新田) – 屯門碼頭）、78（元朗(新田) – 八鄉路(近大欖隧道轉車站)），以及通宵服務的N44B（落馬洲管制站 – 屯門碼頭）、79S（落馬洲管制站 – 天水圍）、616S（落馬洲管制站 – 旺角）。

至於的士，署方指公共運輸交匯處內將分別設有上客和落客區，供市區的士、新界的士和車隊的士使用。

另外，現時由中港直通巴士、跨境全日通、跨境快線營運、來往市區的短途跨境巴士服務，署方指會在新皇崗口岸繼續。運輸署正與營辦商研究優化及加強服務，包括調整行車路線及服務範圍。