專訪|憑基因排序揪出變種病毒 病毒獵人蕭傑恒:政府應協調統籌

撰文:鄭翠碧
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新冠肺炎肆虐香港近一年半,追蹤傳播鏈的「功臣」除了人所共知的衞生防護中心傳染病處主任張竹君外,理工大學、香港大學一眾化驗師亦默默耕耘,透過基因排序去揭露患者關係,最成功的一次莫過於找到南非變種病毒由印裔男子傳播予數名菲傭,堵截了傳播。 
帶領理工大學團隊的醫療科技及資訊學系副教授蕭傑恒接受《香港01》專訪,明言由於欠缺政府統籌,在疫情初期基因排序滯後,只能在爆發出現後「解釋返個故事」,現時雖然因應技術進步而加快了流程,但仍未能為所有確診個案做基因排序,提倡政府協調各間大學合作,以基因排序去堵截新一波疫情出現。

病毒獵人蕭傑恒系列報道:

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蕭傑恒帶領10人團隊,經常通宵達旦地做基因排序,只求盡快找出本港新冠肺炎患者的感染源頭。 (資料圖片/黃舒慧攝)

今年5月1日,理工大學和香港大學同日公布,帶有南非變種病毒的印度裔男子之病毒基因,原來與東涌映灣園的菲傭相同,揭發二人之間有傳播關係,進而迫使到印裔男子披露他曾參加女友人的家庭聚會,或再由女友人兄長一家傳播病毒予三名菲傭。

蕭傑恒直言,今次透過基因排序找到變種病毒在香港之傳播鏈,是疫情爆發以來最成功的一次,「喺未擴散之前搵到條傳播鏈,將佢成條揪出嚟。」

說起這次成功經驗,蕭傑恒難掩興奮,因為在疫情初期,基因排序只能像「事後孔明」,用作驗證和解釋一些已知的傳播,例如去年4月理大才公布,透過基因排序發現第一波(去年1、2月)疫情中佛堂群組的「零號病人」應該是住持。直到去年7月初出現第三波疫情時,蕭傑恒利用基因排序,找出漏洞在於政府豁免了海員和機組人員檢疫,令政府收緊相關政策。他感嘆雖然7月底找出了社區大爆發的導火線,可惜為時已晚,只能「堵塞返個漏洞」。

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及至去年10月,蕭傑恒察覺到本港有新品種病毒株傳入,警告第四波隨時一觸即發,詎料病毒真的碰上了跳舞群組,形成本港最大的確診群組。他坦言,當社區出現大爆發後,基因排序便會變得「無甚作為」,因為基本上所有個案的基因都非常相似,難以分辨到如何傳播。

蕭傑恒和研究人員會先處理樣本,再將樣本放入儀器,等待數小時,便可在電腦分析數據。 (鄭翠碧攝)

想取得一個樣本作基因排序卻難關重重

基因排序要做得夠快、夠多才能發揮作用,阻截傳播,但偏偏蕭傑恒想取得一個樣本卻難關重重,需先推測病人留醫的醫院,再自行聯絡院方索取樣本,曾試過花費5、6天才能取得一個樣本。疫情爆發近一年半,本港共有近一萬二千宗確診個案,蕭傑恒只能取得當中約1800個樣本作化驗,因部分樣本病毒量不足,最終只有1400個可做到基因排序,「好多時見到有啲個案有特別嘅突變,但當中斷咗片,究竟無啦啦點解多咗呢個突變?佢喺邊度嚟嘅呢?唔可以將唔同群組串連一齊。」

▼基因排序電腦分析三部曲▼

蕭傑恒不諱言指,在基因排序方面,香港落後於其他國家,因為政府不夠重視這項技術,遇到有懷疑個案時,會先確定該人士確診,再追蹤其密切接觸者,「第三位先係基因排序」,投放的資源亦不多。相反,新西蘭會為所有確診個案做基因排序,而英國更會每周公布不同地區的病毒品種。

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盡快為所有個案基因排序 唔使估源頭喺邊度,邊度有漏洞

早前有專家指本港第四波疫情已完結,但昨天再現一宗本地源頭不明個案(35歲男警),蕭傑恒認為,本港疫情仍有暗湧,政府更應襯第五波未出現前重新佈防,外防輸入。他提倡政府擔起統籌角色,協調各間大學分工合作,為所有確診個案做基因排序,相信一旦本地再有個案,亦可即時對比輸入個案,「唔使估源頭喺邊度,邊度有漏洞…如果唔係就淨係知確診個案一路升緊,咁究竟係原本傳播鏈蔓延,定係有新嘅傳播鏈存在?」

他並建議政府於機場設置小型基因測序儀器,每當有入境者的樣本初步陽性,便即時做基因排序,料只需8至11小時便可得出全基因圖譜。

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